2000년 03월 신입생 모집단위 명칭변경: 수학·통계학과군, 물리·천문우주·지구환경과학군, 화학·생명과학군 2000년 08월 반도체과학과 폐쇄 2000년 10월 제13대 최대호 학장 취임

2002년 10월 제14대 고흥선 학장 취임

2003년 03월 통계학과를 정보통계학과로 명칭변경

2004년 03월 컴퓨터과학과 폐쇄2004년 10월 제15대 김용은 학장 취임

2005년 03월 모집단위 분리: 물리·지구환경과학군, 천문우주학과로 분리. 2005년 03월 자연과학대학부설 과학기술진흥센터 설립 2005년 06월 연변대학교 이공학원과 MOU 체결 2005년 12월 제주대학교 자연대학과 MOU체결

2006년 03월 물리학과 BK21 ‘차세대소자개발을 위한 물리양성 사업단’ 선정. 2006년 09월 제16대 오원태 학장 취임

2007년 07월 생화학 “암억제 유전자 제어 연구실” 선정

2008년 01월 물리학과 NURI “첨단소재기반 인력양성사업단” 선정 2008년 09월 제17대 유성초 학장 취임

2009년 01월 신입생 모집단위 변경:
수학과·정보통계학과군을 수학과와 정보통계학과로 분리.
화학과·생명과학부군을 화학과, 생물학과, 미생물학과, 생화학과로 분리 2009년 03월 생화학과 BK21 ‘세포시스템 인력양성사업팀’ 선정.
자연과학대학 의예과, 수의예과 모집단위 폐쇄.
생명과학부를 생물학과, 미생물학과, 생화학과로 분리 2009년 04월 제4자연관(36동, 현재 자연과학대학 6호관 S1-6동) 준공 2009년 06월 생화학과 글로벌연구실 “CBNU-ICL 글로벌연구실” 선정

2010년 01월 모집단위 분리 :
물리학과·지구환경과학과군을 물리학과와 지구환경과학과로 분리. 2010년 02월 자연과학대학 의예과와 수의예과 폐쇄 2010년 09월 제18대 강한영 학장 취임